二维码设计指的是对二维码进行视觉上的自定义。通过颜色、形状、嵌入标志等手段，可以做出符合品牌形象的设计。不过，自定义时必须先理解为维持读取精度而存在的技术限制。
可自定义的要素包括更改前景色与背景色、更改模块 (点) 的形状 (圆形、圆角等)、在中央嵌入标志、更改寻像图案 (四角的方块) 的设计。
设计自定义有必须遵守的规则。第一，要确保前景色与背景色之间有足够的对比度，浅色的组合会使读取精度显著下降。第二，背景色要比前景色更明亮。按照二维码的规范，深色被识别为数据，浅色被识别为背景，所以颜色反转后就无法读取。第三，嵌入标志时要使用纠错等级 H (可恢复 30%)，并把标志的尺寸控制在整个二维码的 30% 以内。
设计好的二维码，请务必在多台设备 (iPhone、Android、不同的相机应用) 上测试后再投入正式使用。有些情况下在设计工具上能读取，实际印刷品上却读不出来。