微型二维码是比普通二维码更小型的规格。它的位置检测图形 (寻像图形) 只有 1 个，而普通二维码有 3 个，因此适合印刷在有限的空间上。它由 JIS X 0510 完成规格化。
与普通二维码最大的区别是尺寸。微型二维码的最小版本 (M1) 为 11×11 模块，约为普通二维码最小版本 (1) 的 21×21 模块的一半大小。它被用于电子元件的标签、小型产品包装、医疗器械的识别等印刷面积极其有限的用途。
不过，微型二维码存在数据容量上的限制。即使是最大版本 (M4) ，上限也只有数字 35 个字符、字母数字 21 个字符、二进制 15 字节。相对于普通二维码能存放数千个字符，它能处理的数据要少得多。在存放 URL 时，短链接 (20 至 30 个字符左右) 勉强能够容纳，但长 URL 无法存放。
智能手机自带相机应用对微型二维码的读取支持，并不像普通二维码那样普及。现实的做法是面向一般消费者的用途使用普通二维码，而把微型二维码限定在工业用途上。