二维码版本是决定二维码尺寸的规格编号。从版本 1 (21×21 模块) 到版本 40 (177×177 模块) 共有 40 个级别，版本每上升一级，尺寸就增加 4 个模块。
版本与数据容量的关系是：版本 1 (纠错等级 L) 可存放 41 个数字，版本 5 可存放 154 个数字，版本 10 可存放 652 个数字，版本 40 可存放 7,089 个数字。存放 URL 时，短链接 (20 到 30 个字符) 用版本 2 到 3 就足够，而较长的 URL (100 个字符以上) 则需要版本 5 以上。
版本的选择，由数据量、印刷尺寸和读取环境三者的平衡决定。版本越大能存放的数据越多，但模块会变小，因此在相同的印刷尺寸下读取精度会下降。实用上一般是版本 1 到 10 左右，版本 20 以上仅限于工业用途。
二维码生成库会根据输入数据的数量和纠错等级，自动选择最合适的版本。几乎不需要手动指定版本，但在印刷尺寸受到限制时，用短链接来减少数据量、从而收进更小的版本，是很有效的做法。